El recorrido hacia la sección de arte sacro, se realiza a través de una escalinata y una pasarela que permite contemplar de un lado, el magnífico pórtico de tres arcos del palacio islámico y de otro, el piso superior de la galería tardogótica. Esta galería fue construida durante el reinado de los Reyes Católicos, gracias al decidido apoyo mostrado por la reina Isabel a la reforma observante de la regla franciscana y, sobre todo, a la aportación de cuantiosas dotes por parte de algunas religiosas pertenecientes a las familias Pacheco y Fajardo. La galería está formada por una doble arquería un tanto irregular, compuesta por arcos de torso rebajado en la planta baja y arquillos mixtilíneos en la superior, que queda adosada a la fachada del pórtico islámico. El tránsito hacia la sección de arte sacro a través de esta pasarela, permite además contemplar en todo su esplendor el patio con la alberca y la sencilla arquitectura del monasterio.

La sección de arte sacro, denominada Tiempos de Silencio, explica la sección medieval cristiana y moderna del Monasterio. En esta parte, la sobriedad y sencillez constructiva de la orden franciscana contrasta con la suntuosidad y exotismo de la arquitectura palacial islámica. Con la visita a esta sección, se entiende la continuidad histórica que caracteriza a este edificio con sus sucesivas fases de remodelación, una vez que pasó a tener un uso religioso y se explican los contenidos básicos de la mentalidad conventual. Esta parte del edificio, en la crujía oriental, había albergado las celdas de las hermanas durante siglos y junto a las naves monacales, que ahora muestran un aspecto diáfano, se abre el antiguo coro de la iglesia gótica. En este espacio se conserva una magnífica cúpula de iconografía gótica que representa dragones amenazantes con las fauces abiertas y cuya restauración nos permite en la actualidad contemplarlos en todo su esplendor de colorido. Esta peculiar forma de decorar estos espacios con seres fantásticos se repitió en la capilla de Macías Coque de la Catedral de Murcia y en las nervaduras de la Iglesia de Santiago de Jumilla. La excepcionalidad del espacio gótico, único en su género entre los monasterios de la vieja diócesis, inicia el recorrido como continuidad lógica del pasado andalusí, enlazando dos mundos diversos vinculados en este edificio.

Las salas sirven de marco a una exposición permanente que muestra los distintos avatares del edificio e ilustra sobre las formas de pensamiento, vida y cultura de una comunidad religiosa de larga tradición, presente en este espacio desde mediados del siglo XIV. En ellas se exponen algunas obras de arte promovidas por el mecenazgo y se advierten las orientaciones iconográficas a lo largo de los siglos: santos, inmaculadas, infancia y pasión de Cristo, eucaristía son temas empleados en pinturas, esculturas y objetos de uso devocional y personal. La Sección Tiempos de Silencio reúne un buen número de obras de arte propiedad de las monjas clarisas, nunca expuestas hasta ahora. Esculturas, pinturas, documentos, piezas suntuarias y objetos devocionales, en su mayoría recientemente restauradas, muestran la historia del convento y la vida en clausura. Este rico patrimonio proviene, en su mayoría, de las donaciones que servían para agradecer favores y mercedes, demostrar la piedad personal y asegurarse un último y final reposo en el Más Allá. 

En el coro se pueden contemplar piezas relacionadas con la primitiva iglesia, tan singulares como el retablo de Guadalupe y el de Santa Clara, pintado por Jerónimo Ballesteros hacia 1590, y una serie de objetos íntimamente relacionados con la vida en ese período, como unas rejas románicas antiguamente instaladas en el acceso a la cámara fúnebre del convento. Desde el coro se puede ver la iglesia barroca, lo que permite entender las transformaciones sufridas por el monasterio desde el período gótico a la actualidad.

Al salir del coro viejo, se accede a un tramo de la nave conventual donde se exponen obras del siglo XVI como el retablo de San Juan Evangelista y la Predella de la Última Cena y piezas de orfebrería como cálices y custodias, textiles y pequeñas esculturas que representan niños Jesús de la orden franciscana. Una secuencia de pinturas y esculturas de los siglos XVII y XVIII de autores como Senén Vila, Diego de Mora, Francisco Salzillo o Roque López, culminan con la visión del crucificado de Salzillo, denominado de “Las Isabelas”, que pone punto final al recorrido museístico.